Генподрядчик просит подписать акты КС-2 и КС-3. Я отказываюсь, т.к. не устранено много косяков.

Стоит ли подписывать акты без устранения косяков и ряда не выполненных работ?

Вообще, КС-2, КС-3 (или процентовки по народному) подписывается на основании выполненных работ по договору. Т.е., условно говоря в договоре написано установка опоры - 2 штуки, опоры установили, и вы как заказчик уже подписали акты выполненных работ, то КС-2, КС-3 на эти работы вы подписать обязаны.

Возьми гарантийное письмо, в котором Генподрядчики обязуются, допустим в 2-недельный срок после НГ все устранить.

нет, не стоит. подписал - всё, права выставить претензии ты больше не имеешь.

Подписал акты.
Из актов убрали те виды работ, которые были выполнены с косяками.

П.С. генподрядчик в случае не подписания может в односторонннем порядке подписать акты...

ни в коем случае