фактически само юр лицо в Омске даже не знает, что на него подали в суд.
законно ли суд направил иск филиалу?

по месту возникновения трудового спора.работник трудился в филиале предприятия

ты за это не зацепишься.... ищи факты и доказательства для суда или для кассации... если суд уже проигран по причине раздолбайства

Ответчиком будет юридическое лицо, а иск можно подать как по месту нахождения головной организации, так и по месту нахождения филиала (см ст. 29 ГПК РФ)
В резолютивной части определения будет указанно наименование юридического лица, как написано в выписки ЕГРЮЛ. А выступать ответчиком может любой представитель любого филиала на территории РФ если оформлена доверенность/передоверие.

у филиала( в дице директора) есть доверенность на все действия... в том числе и на участие в судах...

но иск головной ведь дролжен пойти организации
головная даже не знает что подали иск н а них

Филиал должен уведомить Предприятие о иске в соответствии с внутренними приказами, если такие конечно есть.

а если не уведомил то что?

иск подавался на головное предприятие.
а филиал несообщил об этом головному. т.к. иск направлен в филиал.

думаю выгодно директору филиала чтобы его начальник в головном не знал. что подали иск

Да ничего не будет, это нормальная практика.

всем все пофиг. тем более в конторе и ее филиалах