как происходит весь этот процесс для организации???

Как ее списывают с баланса??

Ну же)

если предприятие государственное, то с разрешения балансодержателя - учредителя (КУМС, министерство ит.д.). на основании данного распоряжения готовится акт уничтожения и усе... забирай домой и иди